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一、為配合醫學教育、臨床醫學訓練之改革及減輕醫學系學生負擔，考試院94年12月22日訂定發布專門職業及技術人員高等考試醫師考試分試考試規則，自96年開始改採分試考試，以提供國內醫事院校醫學系修畢基礎醫學學生，可於畢業前參加醫師第一試考試，畢業後再參加第二試考試，於通過後取得考試及格證書。其及格方式，均以各應試科目總成績滿60分及格。復依102年8月6日修正發布之專門職業及技術人員高等考試醫師牙醫師中醫師考試分階段考試規則，103年1月1日起，分試考試改稱「分階段考試」，103年開始實施分階段考試，第一階段考試及格，始得應第二階段考試，第二階段考試及格保留6年，並自104年7月起醫師類科考試改採電腦化測驗。
二、另為使醫學系應屆畢業生順利銜接PGY訓練，自106年6月起，每年第二次醫師考試第二階段考試提前於6月下旬單獨舉行，並於7月31日前榜示。醫師分試（分階段）考試首次於96年辦理，至110年，醫師考試第一階段考試共計舉行30次，醫師考試第二階段考試共計舉行29次。醫師考試第一階段考試總計報考50,120人，到考47,528人，及格24,893人，及格率52.38%；第二階段考試總計報考24,019人，到考23,775人，及格21,370人，及格率89.88%。